氣質聯用儀的整體性能指標主要包括以下幾個：質量范圍、分辨率、靈敏度、質量準確度、掃描速度、質量軸穩定性、動態范圍。

a）質量范圍：即能檢測的最低和最高質量，決定了儀器的應用范圍，取決于質量分析器的類型。四極桿質量分析器的質量范圍下限1~10，上限500~1200；

b）分辨率：即質譜分辨相鄰兩個離子質量的能力，質量分析器的類型決定了質譜儀的分辨能力。四極桿質量分析器的分辨率一般為單位質量分辨力；

c）靈敏度：氣質聯用儀一般采用八氟萘作為靈敏度測試的化合物。靈敏度的高低不僅與氣質聯用儀的性能有關，測試條件也會對結果產生一定影響；

d）質量準確度：為離子質量測定的準確性，與分辨率一樣取決于質量分析器的類型。四極桿質量分析器屬于低分辨質譜，質量準確度為0.1 u；

e）掃描速度：即每秒鐘掃描的最大質量數，是數據采集的一個基本參數，對于獲得合理的譜圖和好的峰形有顯著的影響；

f）質量軸穩定性：是指在一定條件下，一定時間內質量標尺發生偏移的程度，一般多以24 h內某一質量測定值的變化來表示；

g）動態范圍：決定了氣質聯用儀的檢測濃度范圍。